Książki i rozdziały w książkach: 

1. Marta Flis, Prawo karne. Repetytorium. Warszawa 2010, ISSN 1506-7513 [Współautor : Tomasz Snarski].
2. Marta Flis-Świeczkowska, Prawo karne. Repetytorium, Warszawa 2012, ISBN 978-83-264-3782-3, [Współautor: Tomasz Snarski].
3. Marta Flis-Świeczkowska, Rola pełnomocnika w świetle wzmocnienia zasady kontradyktoryjności procesu karnego, (w:) Kontradyktoryjność w polskim procesie karnym, (red.) P. Wiliński, Warszawa 2013, ISBN 978-83-264-4541-5.
4. Marta Flis-Świeczkowska, Uwagi na tle kontratypów zwyczajowych związanych z zawarciem małżeństwa, (w:) Profesor Marian Cieślak - osoba, dzieło, kontynuacje, (red.) W. Cieślak, S. Steinborn, Warszawa 2013, ISBN 978 -83- 264 -4369 -5.
5. Marta Flis-Świeczkowska, Uwagi na temat kontratypu dopuszczalnego ryzyka gospodarczego, (w:) Granice kryminalizacji i penalizacji, (red.) S. Pikulski, M. Romańczuk-Grącka, Olsztyn 2013, ISBN 978 - 83-62863-76-1.
6. Marta Flis-Świeczkowska, Efektywność ENA a odroczenie wykonania postanowienia o przekazaniu osoby ściganej. Uwagi na tle art. 607o k.p.k., (w:) Skuteczność ekstradycji i europejskiego nakazu aresztowania, (red.) S. Pikulski, K. Szczechowicz, M. Romańczuk-Grącka, Olsztyn 2014, ISBN 978-83-7299-879-8, [Współautor: Dawid Świeczkowski.
7. Marta Flis-Świeczkowska, Dawid Świeczkowski, Effectiveness of the European arrest warrant and postponement of the execution of the decision on the surender. Remarks in the context od Art. 607o of the Polish Code of Criminal Procedure, (w:) Effectiveness of extradition and the European arrest warrant, (red.) S. Pikulski, K. Szczechowicz, M. Romańczuk-Grącka, Olsztyn 2014, ISBN 978-83-7299-894-1,
8. Marta Flis-Świeczkowska, Czy istnieje możliwość cofnięcia przez mocodawce środka odwoławczego wniesionego przez pełnomocnika?, (w:) Postępowanie odwoławcze w procesie karnym - u progu nowych wyzwań, (red.) S. Steinborn, Warszawa 2016, ISBN 978-83-8107-041-6.
9. Marta Flis-Świeczkowska, Wpływ udziału pełnomocnika w postępowaniu karnym na prawo pokrzywdzonego do sądu w znowelizowanej procedurze karnej, (w:) Reformy procesu karnego w świetle jego zasad, (red.) D. Gil, E. Kruk, Lublin 2016, ISBN 978-83-8061-261-7.
10. Marta Flis-Świeczkowska, Prawo strony do kontroli instancyjnej a problem niejednoczesnego rozpoznania zażaleń w przedmiocie środków zapobiegawczych wniesionych przez podmioty uprawnione - uwagi na tle postanowienia Sądu Apelacyjnego w Gdańsku z dnia 20 lipca 2016 r., II AKz 465/16, (w:) Problemy kontroli decyzji procesowych, (red.) D. Gil, Lublin 2017, ISBN 978-838-0614-161.
11. M. Flis-Świeczkowska, Dawid Świeczkowski, O możliwości orzekania o odbywaniu kary pozbawienia wolności w systemie dozoru elektronicznego przez sąd orzekający w przedmiocie odpowiedzialności karnej - wstęp do dyskusji, (w:) W kierunku odformalizowania postępowania sądowego, (red.) D. Gil, Lublin 2017, ISBN 978-838-0614-154.

Studia i artykuły: 

1. Marta Flis, Dawid Świeczkowski, Świadek koronny i mały świadek koronny - instytucje podobne tylko z nazwy, Alma Mater Gedanesis Collegium Iuridicum: studenckie zeszyty naukowe, Gdańsk 2010.
2. Marta Flis, Tomasz Snarski, O potrzebie uregulowania sytuacji prawnej posiadaczy przedwojennych obligacji skarbowych, Pieniądze i Więź, nr 3/2010.
3. Marta Flis, Tomasz Snarski, Legislacyjny hard case - wokół propozycji dekryminalizacji zniesławienia (art. 212 k.k.), Przegląd Legislacyjny, nr 2/2012.
4. Marta Flis-Świeczkowska, Udział organizacji pozarządowych w postępowaniu przed sądami karnymi, Disputatio, t.18/2014.

Glosy i przeglądy orzecznictwa: 

1. Marta Flis-Świeczkowska, Glosa do uchwały SN z dnia 24 listopada 2010 r., I KZP 22/10, Gdańskie Studia Prawnicze. Przegląd Orzecznictwa, nr 1/2012.

2. Marta Flis-Świeczkowska, Glosa do postanowienia SN z dnia 17 stycznia 2017 r. II KO 27/16, Gdańskie Studia Prawnicze. Przegląd Orzecznictwa, nr 2/2017.

Hasła: 

Marta Flis-Świeczkowska, Leksykon prawa karnego procesowego: 100 podstawowych pojęć. (red.) W. Cieślak, K. Woźniewski, Warszawa 2012.

Hasła:

1. postępowanie przyspieszone
2. postępowanie z oskarżenia prywatnego
3. postępowanie wykonawczo-likwidacyjne
4. przedawienie
5. sprzeciw
6. suspensywność
7. środki odwoławcze
8. środki zaskarżenia
9. właściwość sądu
10. wyjaśnienia
11. wyłączenie organu procesowego

Referaty: 

1. Współczesne problemy Wymiaru Sprawiedliwości VII - Problemy kontroli decyzji procesowych, Prawo storny do kontroli instancyjnej a problem niejednoczesnego rozpoznania zażaleń w przedmiocie środków zapobiegawczych wniesionych przez podmioty uprawnione - uwagi na tle postanowienia Sądu Apelacyjnego w Gdańsku z dnia 20 lipca 2016 r., II AKz 465/16,  25-26 kwietnia 2017 r., Sandomierz.
2. W kierunku odformalizowania postępowania sądowego. Perspektywy a rzeczywistość, O możliwości orzekania o karze pozbawienia wolności w systemie dozoru elektronicznego przez sąd orzekający w przedmiocie odpowiedzialności karnej - wstęp do dyskusji,  24 kwietnia 2017 r., Sandomierz.
3. Zasady postępowań sądowych w świetle ostatnich nowelizacji, Wpływ udziału pełnomocnika w postępowaniu karnym na prawo pokrzywdzonego do sądu w znowelizowanej procedurze karnej, 25 kwietnia 2016 r., Sandomierz.
4. II Warmińska Konferencja Nauk Penalnych. Granice kryminalizacji i penalizacji, Uwagi na temat kontratypu dopuszczalnego ryzyka gospodarczego, 19 września 2013 r.,  Olsztyn

Sprawozdania: 

Konferencja naukowa "Profesor Marian Cieślak - dzieło i kontynuacje", Gdańsk 11-12 października 2011 r., Palestra nr 1-2/2012.

• Udział w Konferencji pt. „Ku kontradyktoryjności? Proces karny w świetle projektowanych zmian”, Poznań 22-23 kwietnia 2013,
• II Warmińskiej Konferencji Nauk Penalnych pt. „Granice kryminalizacji i penalizacji”, Olsztyn 19-20 września 2013 roku
• I Gdańskiej Konferencji Kryminologicznej, Gdańsk 4 czerwca 2013,
• Udział w Konferencji pt. „Postępowanie dowodowe w świetle nowelizacji k.p.k.”, Toruń 20-21 maja 2013 roku
• II Ogólnopolski Zjazd Młodych Karnistów
• Ogólnopolski Zjazd Młodych Karnistów
• I Warmińskiej Konferencji Nauk Penalnych pt. „Tożsamość polskiego prawa karnego
• Profesor Marian Cieślak - Dzieło i kontynuacje
• Kluczowe problemy procesu karnego
• 40-lecie Wydziału Prawa i Administracj Uniwersytetu Gdańskiego. Prawo i administracja z perspektywy nauki i dydaktyki
• VII Zjazd Katedr Postępowania Karnego, 2-4 czerwca 2016 r., Gdańsk.
• Proces karny, prawo karne skarbowe i prawo wykroczeń po zmianach w latach 2015-2016, 8 grudnia 2016 r., Łódź.
• VIII Zjazd Katedr Postępowania Karnego, 22-24 września 2018 r., Białystok.
• Dziecko krzywdzone przestępstwem - profilaktyka, interwencja, pomoc - 25 września 2018 r., Starogard Gdański.